Cell Res：北京基因组所共同开发揭示 RNA 甲基化调控 R -loop 形成及转录终止

R-loop 是一种由 RNA：DNA 杂合双链和单双链 DNA 组成的独有蛋白质结构，在原核和真核生物的蛋白质组中特有种广泛应用且由来已久。R-loop 在很多最重要的药理学过程中发挥作用重要功能，包括染色质剪裁、核糖体调节、DNA 挫伤修补以及蛋白质组保持稳定性等，但其如何被正确地调节的机制尚不似乎。m6A 剪裁作为信使 RNA 上丰度极高的剪裁类型，广泛应用参与哺乳动物的受精、免疫管理系统、肿瘤蛋白升级、脂肪组织发挥作用作用、以及生成和转移等肉体过程。然而，目前尚不似乎 m6A 是否能作为 R -loop 中 RNA 糖类的本源不同之处来调节 R -loop 水准，进而发挥作用各种药理学功能。中科院南京蛋白质组分析所杨运桂、任捷与清华大学生科院孙前原文他的团队合作关系分析，找到 m6A 能保持稳定 R-loop 的形成，进而调节蛋白质核糖体的必要重新启动。这一科研成果以《m6A promotes R-loop formation to facilitate transcription termination》为题于 10 年底 12 日离线发表于《蛋白分析》（Cell Research）杂志。分析他的团队首先通过斑点分子驯化和免疫管理系统荧光应用，找到敲低 m6A 大板基转移酶 METTL3 显着下降 R -loop 水准，且该调节作用发挥作用 METTL3 大板基转移酶活性。随后，他的团队团员利用高效液相定量为首质谱应用，找到远比于染色体结合的 RNA（caRNA），R-loop 的 RNA 糖类有越来越富集的 m6A 剪裁。有利于利用基于单双链 DNA 建库的 DNA：RNA 杂合双链免疫管理系统合共沉淀高通量测序应用（ssDRIP-seq），找到缩水的 R -loop 主要富集在核糖体重新启动区外，R-loop 转变程度与 m6A 的距离和剪裁水准无关。为了探索 m6A 对 R -loop 调节的药理学功能，分析他的团队绘出了 RNA 转录核糖体启动子的高分辨率图谱，并在 MYC、ACTIN 蛋白质上同步进行多种核糖体活性检验，找到 m6A 促进 R -loop 形成是核糖体重新启动下一阶段的最重要性，可以防止 RNA 转录的核糖体通读。最后，他的团队团员框架了针对核糖体通读的报告蛋白质管理系统，通过 m6A 剪裁启动子的突变有利于证实 m6A 对于 R -loop 形成及核糖体重新启动的最重要作用。该分析找到了 m6A 突变剪裁的合共核糖体调节功能，揭示了 RNA 突变剪裁对染色质结构的影响，以及 R-loop 结构中的 RNA 糖类被剪裁后对其自身稳态的调节机制，阐明了 m6A 通过保持稳定 R-loop 而促进核糖体情况下重新启动的现象，为有利于分析 m6A 与 R-loop 的调节机制和相应药理学功能缺少了前提的应用和理论承托。该分析获得了中国科学应用大学一环同步进行科技专项、第三世界人原文科学以及第三世界信息化研发著手等基金资助。零碎注解：Xin Yang， Qian-Lan Liu， Wei Xu， et al. m6A promotes R-loop formation to facilitate transcription termination. Cell Research (2019).