Cell | 建立有机体树突状细胞与辅助性T细胞相互作用模型

蛋白-蛋白电磁场异常适合于，涵盖大量原子与接收机通道，教育界钻研多年，仍旧是管中窥豹。来自法国巴黎PSL研究工作大学的Vassili Soumelis他的团队于在Cell杂志上公开发表文中A Quantitative Multivariate Model of Human DendriticCell-T Helper Cell Communication的文中，建起了试验与分析方法辅以的研究工作法则，试验上，在蛋白质水平检验了蛋白所增生的介导与应激反应；分析方法上，建起了接收机输入转换器彼此之间的联系和电磁场彼此之间。所写以人类树突柱状蛋白（Dendritic cell，又称DC）与发挥作用T蛋白（T Helper cell，又称Th）彼此之间的电磁场为研究工作对象，分析了36例DC相关的接收机原子和17种Th增生的介导，并缺少这些数据集建起数学仿真，演算出56种并未被试验证明的蛋白相互彼此之间，与此同时，还推断出290种可能彼此之间，并证明了IL-12p70可以通过IL-1接收机通道抑止17型式发挥作用T蛋白（又称Th17）。首先，所写采集了人类单核蛋白来源的DC（MoDCs）和水肿肾脏CD11c+DC（bDCs）两类蛋白，并抑止24两星期。所转用的抑止接收机主要包含三大类总计14种。第一种：内源接收机原子，包含干扰素beta（interferon β，又称IFN-β），GM-CSF， TSLP和 PGE2；第二种：Toll由此可知酶的配基，包含Toll4酶的拮抗剂脂多糖（ lipopolysaccharide，又称LPS），Toll1/2酶拮抗剂PAM3CSK4，Dectin1拮抗剂Curdlan，Toll2/Dectin1拮抗剂 zymosan，Toll7/8酶拮抗剂R848，Toll3酶拮抗剂 poly(I：C) 和NLRP3水肿小躯活化剂铝钾；第三种：细菌病毒，包含受热灭活的Candida albicans （又称HKCA），诺里奇菌（Listeria monocytogenes，又称HKLM），Staphylococcus aureus （又称HKSA）， Streptococcus pneumoniae （又称HKSP）和流感病毒（influenza virus，又称flu）。每一次，所写通过流式蛋白妖术等法则，检验了36种DC相关原子的强调情况下，其中，29种处于蛋白内层，7种处于蛋白增生上清之中。结果显示，除了一些推断的DC蛋白作出反应除此以外，所写还有了一些越来越越来越进一步推断：（1）zymosan抑止的MoDCs 强调高水平的CD54 和PVR；（2）流感病毒抑止的MoDCs可以抑止ICOSL；（3）LPS抑止的MoDCs 可以抑止高水平的CD30L和CD83。再下来，所写将这些抑止过的DC与T蛋白上海交通大学6天，随后检验Th的增殖高效率以及17种Th相关介导的强调增生情况下。引人注目的是，所写将Th和DC的躯现相互比较，推断，这二者彼此之间并不存在有序的彼此之间，反之亦然，两种抑止物对DC诱发的特性完全相同，但是，这两种抑止物所处理过程的DC与T蛋白上海交通大学之后，诱发的特性很可以截然相同。接着，所写转用生物信息学的法则，以上述试验数据集建起仿真。简单来说，所写示范DC转换器的36种接收机原子和Th转换器的17种现象原子，将两两彼此之间的彼此之间一般化为“正向转录”和“对人转录”两种，并且，还申请加入数据集库和已公开发表史籍中的信息，建起了适合于的接收机转录网络。例如，通过这一仿真，所写推断， IL-10的对人转录原子包含OX40L， 4-1BBL， IL-12， TNF-α， CD58， VISTA，Galectin-3， CD80， CD29， IL-1， ICAM-3， SLAMF3， IL-28a和CD83，而正向转录原子包含Jagged-2， PDL1， IL-10， CD11a， HLA-DR， ICOSL， CD100， CD30L， CD18， ICAM-2和CD86，这由此可知，给予DC相同的抑止接收机，所写就可以推断Th作出反应蛋白IL-10的强调增生情况下。终于，所写利用这由此可知仿真，试示意图推断并证明越来越越来越进一步蛋白相互彼此之间。通过建起的仿真，所写推断，IL-12在与IL-1， ICAM-2或者Jagged-2共同增生时，倾向于转录IL-17F，而与CD70， IL-23或者 LIGHT 共同注意到时，则越来越倾向于转录IL-17A。另外，敲除IL-12，IL-17A和IL-17F的强调水平都显着降低。这些结果明确指出，IL-12积极参与Th17的抑止分化。为了越来越进一步探讨IL-12抑止Th17的机制，所写转用躯外抑止Th的仿真，推断，IL-12并必须同样抑止Th17，但是，同时申请加入IL-1和IL-12，Th17就抑止出来了。这是一篇试验与分析方法辅以的佳作。试验结果与计算动态相互支持，相互范本，相辅相成。如下示意图所示，试验其余部分转用了保持良好关联两其余部分数据集，一是何种抑止下DC蛋白的作出反应，二是作出反应后的DC对T蛋白的作用。分析方法其余部分以DC和T蛋白的转换器介导为核心，建起了介导彼此之间的正向和对人转录网络仿真。通过这一仿真，所写相符合一些越来越越来越进一步蛋白之间相互彼此之间，终于再用试验证明这些彼此之间否属实。这篇文中的亮点有两处，一是建起和试验分析方法辅以研究工作的范本，二是文中中提供的诸多蛋白转录信息以供研究工作参考。原始出处：Grandclaudon M1, Perrot-Dockès M2, Trichot C1, et al.A Quantitative Multivariate Model of Human Dendritic Cell-T Helper Cell Communication.Cell. 2019 Oct 3;179(2):432-447.e21. doi: 10.1016/j.cell.2019.09.012.